【摘要】运用系统科学的层次性原理和分散化公共治理理论进行审视,当前合并高校内部权力纵向分配的关键是,学院制运行模式下的校、院二级的关系问题。具体表现为"三级设置,二级管理"的结构性矛盾,校、院管理权力定位偏差和校、院职能错位。问题的成因在于,合并高校中,集权与分权的"度"难以掌握,高校矩阵结构存在特殊要求以及层级间"权、责、效、利"还没有达到完全一致。因此,应按照分布式领导原则构建扁平化的组织结构,科学合理地设置学院,并在明晰校、院权力关系的基础上,进一步完善问责制度,从而构建纵向分权的配套机制。