高等植物液泡加工酶VPE家族的生物信息学分析
2010-05-30分类号:Q946
【部门】南京农业大学生命科学学院
【摘要】利用已经分离的植物液泡加工酶(vacuolar processing enzyme,VPE)蛋白家族的Peptidase_C13结构域序列为检索序列,对拟南芥和水稻中的VPE家族成员进行序列分析,同时利用所有成员的氨基酸序列构建系统进化树,并对其中的保守序列以及信号肽区段和亚细胞定位进行了分析。结果表明:1)结合同源序列的搜索和结构域的鉴定,最终在拟南芥和水稻中确定了8个和13个VPE,其中2个拟南芥和11个水稻VPE成员为首次报道;2)蛋白系统进化分析表明,该基因家族的基本特征在拟南芥和水稻分离之前就已经形成;3)多序列联配以及MEME分析表明,Peptidase_C13结构域在VPE家族成...
【关键词】拟南芥 水稻 液泡加工酶 细胞程序性死亡(PCD) 生物信息学
【基金】国家自然科学基金项目(30771300); 国家863计划项目(2007AA10Z114)
【所属期刊栏目】南京农业大学学报
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