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甘蓝EST资源的SSR信息分析

2010-12-15分类号:S635.1

【作者】李建斌  王神云  王红  万雁玲  丁万霞  
【部门】江苏省农业科学院蔬菜研究所  
【摘要】为了开发甘蓝EST-SSR功能性标记,从NCBI公共数据库检索到63201条甘蓝ESTs,通过前处理和聚类去冗余后得到全长为14828.60kb的无冗余ESTs 23306条。在这些序列中搜索出3085个SSRs,分布于2616条ESTs中,出现频率是13.24%,与甘蓝开花过程中相关的EST-SSRs出现的频率为6.97%。这些EST-SSRs的平均长度为23.11bp,平均分布频率是1/4.81kb。在1~6核苷酸重复的基元中,二核苷酸重复和三核苷酸重复是主要类型,二者出现的频率基本相近,占总SSR的79.09%。AG/CT和AAG/CTT是二、三核苷酸中的优势重复类型,分别占二、三核苷酸...
【关键词】甘蓝  EST  SSR  功能分析
【基金】江苏省科技支撑计划项目(BE2008378); 国家“863”计划项目(2006AA100108)
【所属期刊栏目】中国农业大学学报
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