鹰嘴豆EST资源中SSR的信息分析
2010-04-15分类号：S529.024
【部门】南京农业大学作物遗传与种质创新国家重点实验室 新疆农业大学农业生物技术重点实验室
【摘要】从NCBI公共数据库下载获得27904条鹰嘴豆表达序列标签EST,去除其中低质量的和冗余序列后得到全长为6198092bp的11224条无冗余EST.利用SSRIT(Simple sequence repeat identification tool)软件共在这些序列中发掘出982个SSR,它们分布于865条EST中,出现频率为8.69%,平均长度为15.58bp,平均距离为6.31kb.在鹰嘴豆EST-SSR中,二核苷酸重复是最主要的重复类型(66.90%),其次是三核苷酸重复类型(30.75%),出现最多的重复基元类型是TA/AT(24.95%).
【关键词】鹰嘴豆 表达序列标签-简单重复序列 频率 特性
【基金】国家科技支撑计划项目(2006BAD09A04,2006BAD09A08,2007BAC15B06); 国家自然科学基金项目(30860152); 国家博士后科学基金项目(20080431107); 高等学校学科创新引智计划项目(教育部); 科技支疆项目(200991254)
【所属期刊栏目】湖南农业大学学报(自然科学版)
文献传递
