【摘要】南水北调中线工程是实现我国水资源合理配置,缓解北方广大地区水资源短缺的重大战略性基础设施。建立南水北调中线水源区生态补偿机制是贯彻落实科学发展观的必然要求。南水北调中线水源区属于流域水环境保护的生态补偿,其补偿方式有着复杂的多样性,其生态补偿机制的建立,需要多个相关部门的协调合作,应尽快建立相关的法律法规,建立生态补偿专项基金和补偿主体多元化机制,强化和完善生态补偿的税收调节机制,实行水源区生态标志制度。