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猪圆环病毒Ⅱ型rep蛋白的亚细胞定位生物信息学析

2009-08-15分类号:S852.65

【作者】王印  李昕然  姜雪梅  徐志文  
【部门】四川农业大学动物医学院  
【摘要】从GenBank发表的PCV-2全基因组序列,随机选择其中的32个全基因序列,做序列比对和同源性比较,绘制系统进化树,在注释中找到ORF1编码的rep蛋白氨基酸序列,用在线生物信息学工具对其进行亚细胞定位分析。结果基本符合"来自同一地区的基因序列同源性较高"的规律,表明了PCV的高度保守性,亚细胞定位分析发现其rep蛋白定位于核区的指数为0.76,这与病毒在宿主细胞核内复制分不开。结果同时表明其定位于过氧化物酶体的指数显著不同于其他(过氧化物酶体平均0.36,可变,溶酶体、线粒体均为0.1不变)这可能与pcv的组织嗜性以及复制靶细胞(多为单核/巨噬细胞)的原因相关。
【关键词】PCV-Ⅱ  rep蛋白  生物信息学  亚细胞定位
【基金】
【所属期刊栏目】西南农业学报
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