海带雄配子体抑制消减cDNA文库的生物信息学分析
2009-03-15分类号：S917.3
【部门】上海海洋大学农业部水产种质资源与养殖生态重点开放实验室 上海高校水产养殖学E-研究院
【摘要】对海带(Laminaria japonica Aresch).雄配子体抑制消减cDNA文库进行生物信息学分析,并通过Northern印迹杂交进一步验证了雄配子体2个优先表达的基因。结果表明,(1)由627个克隆产生的618条高质量cDNA可聚类成187条非冗余序列(NRS);其中93条Contig由524条cDNA拼接而成,剩下的94条为Singleton(只有单条cDNA),冗余率达69.74%。(2)5条NRS因与rRNA基因相匹配而不进行分析;60条NRS与GenBank中注释蛋白基因显著匹配;122条NRS无显著匹配。(3)大部分已知功能的基因与物质和能量代谢(26.7%)、生长发育(...
【关键词】海带 配子体 抑制消减杂交 cDNA 基因表达
【基金】国家自然科学基金(30471328;30671627); 教育部高等学校博士学科点专项基金(20060624001); 上海市教育委员会海洋生物学重点学科资助项目(J50701)
【所属期刊栏目】中国水产科学
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