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杨树EST-SSR标记的开发

2009-09-15分类号:S792.11

【作者】张新叶  宋丛文  张亚东  杨彦伶  黄敏仁  
【部门】湖北省林业科学研究院  南京林业大学林木遗传和基因工程重点实验室  
【摘要】利用来自美洲黑杨及欧美杨的20023条EST序列,进行EST-SSR标记开发研究。首先对这些EST序列进行序列拼接,然后在非重复序列中发现由二核苷酸至五核苷酸组成的SSR重复序列。共在10816个非重复序列中发现1604个序列含有SSR,占总非重复序列的14.8%。在发现的1918个SSR重复序列中,二核苷酸重复是最丰富的重复类型,占总类型的62.3%。设计合成48对SSR引物,利用6个不同的杨树品种对其进行验证。结果约90%的引物获得扩增产物,58%的引物在6个不同杨树品种中产生多态性分离。另外,还对重复序列的数量及重复类型进行了讨论。
【关键词】杨树  表达序列标签(EST)  简单重复序列(SSR)
【基金】国家林业局“948”项目(2006-4-80)
【所属期刊栏目】林业科学
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