基因组水平上杨树NAC基因家族的初步分析
2009-08-15分类号：S792.11
【部门】南京农业大学园艺学院 上海市农业科学院生物技术研究所 苏州农业职业技术学院
【摘要】利用其他物种的NAC蛋白,构建NAC结构域的位置特异得分矩阵(PSSM).用PSSM搜索整个杨树PopulusL.基因组,获得编码杨树NAC结构域的DNA片段在基因组上的位置信息,然后运用Perl脚本语言从基因组相应位置提取包含基因全长的序列,推测NAC基因的全长、氨基酸序列及其结构特征,并对得到的杨树NAC基因家族进行了系谱发生分析.结果表明:杨树中至少存在132个非冗余的NAC基因,系谱分析表明这些NAC基因归属于14个亚家族,同一亚家族内各基因编码NAC结构域的外显子数量和结合位置的分布具有一定的相似性.
【关键词】分子生物学 NAC 基因家族 杨树 结构域 系谱发生
【基金】上海市科委基础研究重大项目(06DZ19103); 国家自然科学基金(30670179); 国家“863”项目(2006AA06Z358,2006AA10Z117)
【所属期刊栏目】中南林业科技大学学报
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