葡萄全基因组SSR分析和数据库构建
2009-10-30分类号：S663.1
【部门】南京农业大学园艺学院 上海市农业科学院生物技术研究所 苏州农业职业技术学院
【摘要】利用Perl语言开发了用于探寻基因组SSR的程序SSRFinder,并利用其从法国国家基因测序中心(Genoscope)公布的欧亚种葡萄(Vitis viniferaL.)黑比诺品系PN40024的基因组序列中检索到114 520个SSR。其中含单核苷酸、二核苷酸、三核苷酸、四核苷酸、五核苷酸和六核苷酸重复单元的SSR数目分别为37 648(32.9%)、30 123(26.3%)、18 705(16.3%)、14 566(12.7%)、3 492(3.0%)和9 986(8.7%)个。在各类SSR中,不同核苷酸组成的重复单元频率间存在较大的差异,其中富含A/T重复单元的SSR频率最高,而富含...
【关键词】SSR 欧亚种葡萄 基因组 数据库
【基金】上海市科委基础研究重大项目(06DZ19103); 国家自然科学基金项目(30670179); 国家863计划项目(2006AA06Z358,2006AA10Z117)
【所属期刊栏目】南京农业大学学报
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