西瓜抗枯萎病相关EST-SSR的信息分析
2009-06-28分类号：S436.5
【部门】甘肃农业大学农学院 北京市农林科学院蔬菜研究中心 河北农业大学
【摘要】对西瓜枯萎病菌生理小种1诱导的抑制差减杂交cDNA文库测序获得的4 000条EST进行分析,经过前处理后拼接得到1 487条unigene序列,全长为759 kb。在其中978条unigene序列中共检索出2 136个EST-SSR,出现频率为53.4%。EST-SSR的平均分布距离和平均长度分别是1/0.36 kb、19.59 bp。EST-SSRs中的重复单元以二核苷酸和三核苷酸重复为主,二者在总EST-SSRs中的出现频率为98.08%。GA/TC和GAA/TTC是二、三核苷酸中的优势重复类型,分别占二、三核苷酸重复的25.78%和12.97%。西瓜抗枯萎病相关EST资源的SSR信息分析...
【关键词】西瓜 枯萎病 EST SSR
【基金】国家“863”计划(2006AA10Z1A8); “十一五”国家科技支撑计划(2006BAD01A7-6-02); 国家自然科学基金(3057099730571276); 北京市自然科学基金(5062008); 北京市科委项目(Z0708050150702)
【所属期刊栏目】华北农学报
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