花生EST-SSR分子标记的开发
2009-08-28分类号:S565.2
【部门】山东省花生研究所
【摘要】利用NCBI的Genbank数据库中公布的花生53177条EST序列以及本实验室创造的花生栽培品种E12(Arachis hypogaeaL.)所构建的Unigene文库中的4074条EST序列,对这些序列进行前期处理(去除冗余序列,对含有重叠区域的EST序列进行拼接),总共获得非冗余且拼接较长的序列11260条。通过软件分析发现两个EST库中共包含有1323个SSR位点,主要是2个和3个核苷酸重复,除此之外也有少量的4核苷酸重复以及复合重复。这些EST-SSR平均长度为18.88 bp,平均每8.5条EST序列就包含有一个SSR位点。其中AG/TC、CTT/GAA重复出现的频率最大,分别占到...
【关键词】花生 EST SSR 频率 特点
【基金】国家重点基础研究发展计划(2007CB116200); 国家高技术研究发展计划(2006AA10A114;2007AA10Z189); 农业公益性行业科研专项(NYHYZX07-14)
【所属期刊栏目】华北农学报
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