【摘要】主体功能区生态补偿是一种新型生态补偿方式,具有目标多元性、定位战略性、机制科学性、等级层次性、政策配套性。与传统生态补偿相比,不仅生态学、经济学等相关理论是主体功能区生态补偿的科学基础,而且区域分工理论、区域发展空间均衡理论、区域管治理论对其也有重要的指导意义。在实施生态补偿中,应遵循注重科学、政府主导、规范有序、协商一致等原则构建生态补偿模式,为促进这一新型生态补偿的落实,需要注意:树立大局意识,引领生态补偿;完善规章制度,规范生态补偿;科学规划先行,落实生态补偿;改革财政预算,提高补偿效果;完善配套政策,协动生态补偿。