白桦EST-SSR信息分析与标记的开发
2008-02-15分类号：S792.153
【部门】东北林业大学林木遗传育种与生物技术教育部重点实验室 东北林业大学林木遗传育种与生物技术教育部重点实验室 东北林业大学林木遗传育种与生物技术教育部重点实验室 哈尔滨150040 哈尔滨150040 哈尔滨150040
【摘要】对NCBI(美国国立生物技术信息中心)中2548条欧洲白桦ESTs的序列进行分析,结果表明:其中260条ESTs中含有306个SSRs,为全部ESTs序列的10.2%,SSR频率为12.01%。其中,二核苷酸重复比例为81.37%,三核苷酸重复比例为16.67%,四核苷酸重复比例为1.96%。不同软件设计引物的效率不同,Primer3设计出176对SSR引物,在白桦中扩增成功的引物比例为59.09%,而具有多态性的引物比例仅为25.96%;SSR Primer设计出100对引物,在白桦中扩增成功的引物比例为37%,而具有多态性的引物比例为48.65%。
【关键词】欧洲白桦 白桦 EST SSR 标记
【基金】国家863课题(2002AA241080); 国家自然科学基金项目(30571513); 东北林业大学校基金课题
【所属期刊栏目】林业科学
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