葡萄microRNA的计算识别
2008-10-28分类号:S663.1
【部门】南京农业大学园艺学院 上海市农业科学院生物技术研究所 苏州农业职业技术学院
【摘要】利用生物信息学方法,根据已知植物miRNA(microRNA)的各种特征,设计miRNA预测程序-MirFinder,从葡萄全基因组范围中预测出146条miRNA,然后利用葡萄中已知的miRNA对这146条miRNA进行同源检索,发现其中98条与已知的miRNA完全相同,另外48个为新发现的miRNA。这些新发现的miRNA基因属于21家族,其中8个家族之前未在葡萄中报道过,为葡萄中新发现的miRNA家族,共有20个miRNA。根据植物miRNA和其靶基因间存在较高的序列互补性,预测新miRNA家族的靶基因,结果表明其中6个miRNA家族存在靶基因。
【关键词】葡萄基因组 microRNA 生物信息学
【基金】上海市科委基础研究重大项目(06DZ19103); 国家自然科学基金(30670179)项目; 国家“863”项目(2006AA06Z358)
【所属期刊栏目】华北农学报
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