应用软件Fgenesh预测水稻基因
2008-06-10分类号：S511
【部门】西北农林科技大学农学院/陕西省作物杂种优势研究与利用重点实验室 河南科技学院资源与环境科学学院 西北农林科技大学农学院/陕西省作物杂种优势研究与利用重点实验室 西北农林科技大学农学院/陕西省作物杂种优势研究与利用重点实验室 西北农林科技大学农学院/陕西省作物杂种优势研究与利用重点实验室 陕西杨凌712100 河南科技学院/河南省高等学校作物分子育种重点学科开放实验室 河南新乡45300 河南新乡453003 陕西杨凌712100 陕西杨凌712100 陕西杨凌712100
【摘要】【目的】为生物基因组序列注释提供一定科学依据,加快序列注释进度和精确性。【方法】以粳稻日本晴(Oryza sativa L.ssp.japonica cv.Nipponbare)较长的6号染色体的序列为例,采用生物信息学手段,详细探索了Fgenesh(v2.0)对单子叶模式植物水稻基因的预测。【结果】预测的基因数涵盖了注释的基因数且两者相差不大;预测的基因以多外显子基因为主,占总基因的77.52%;预测基因的长度变化幅度很大;从显著匹配数上来看,Fgenesh对多外显子基因预测准确性较高,其中TIGR注释支持度达到100%,cDNA的支持度也在78%以上;从Fgenesh对多外显子基因不同位置...
【关键词】水稻 基因预测 cDNA 注释 外显子
【基金】国家自然科学基金(301705760); 国家“863”重大专项计划(2002AA207004)
【所属期刊栏目】中国农业科学
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