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SSR标记开发软件SSR MINING 1.0的编制

2008-10-10分类号:Q75

【作者】孙佳莹  辛大伟  单彩云  刘春燕  胡国华  陈庆山  
【部门】东北农业大学大豆研究所  黑龙江省农垦科研育种中心  
【摘要】【目的】研制利用生物信息学方法通过分析数量迅速增加的EST序列开发SSR标记的有力工具。【方法】通过对SSR标记本身的特点以及排列组合原理的分析,提出快速有效的SSR标记开发算法,并应用Visual Basic 6.0程序设计语言进行相关软件的开发。对2004年8月2日至2005年6月12日之间公布在NCBI上的22161条大豆EST序列,进行了SSR标记的检索。【结果】通过对现存SSR标记开发软件中所存在的问题的总结与分析,编制完成SSR标记开发软件SSR MINING 1.0。经过检索共发现2068个SSR标记,应用DNAMAN对其中30个标记进行了引物设计,并合成进行试验验证,最终获得了...
【关键词】SSR标记  EST序列  Visual Basic 6.0  遗传图谱  大豆
【基金】国家科技攻关项目(东北区,2004BA907A26); 黑龙江省教育厅科技研究项目(10551029); 国家“863”项目(2006AA100104); 黑龙江省博士后科学研究基金(LHK-04014)
【所属期刊栏目】中国农业科学
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