植物病原细菌(Ralstonia solanacearum)染色体基因组分泌信号肽计算机分析
2008-04-15分类号：S432.4
【部门】云南省农业科学院生物技术与种质资源研究所 云南省农业科学院生物技术与种质资源研究所 云南省农业科学院生物技术与种质资源研究所 云南省农业科学院生物技术与种质资源研究所 云南农业大学农业职业技术学院 云南昆明650223 云南省农业生物技术重点实验室 云南昆明650223 云南昆明650223 云南省农业生物技术重点实验室 云南昆明650223 云南昆明650223 云南省农业生物技术重点实验室 云南昆明650223 云南昆明650223 云南省农业生物技术重点实验室 云南昆明650223 云南昆明650031
【摘要】应用SignalP 3.0、TMHMM 2.0、THUMBUP、big-PI、TargetP1.01、Lipop 1.0、TatP 1.0等7种软件对植物病原细菌Ralstonia solanacearum GMI1000染色体基因组3448个氨基酸序列进行预测分析。结果表明,该物种染色体基因组分泌信号肽ORFs有178个,占其基因组编码ORFs的5.2%,其中有150个ORFs属于Ⅰ型分泌信号肽,28个ORFs属于Ⅱ型分泌信号肽。在178个ORFs中具RR-motif信号肽结构的有13个,其中11个属于Ⅰ型信号肽,2个属于Ⅱ型信号肽。通过软件预测未发现Comc型信号肽与细菌素-信息素型信号肽...
【关键词】Ralstonia solanacearum GMI1000 染色体基因组 分泌信号肽
【基金】云南省自然基金项目(No.2006C0062M); 云南省“十一五”科技攻关项目(2006NG08); 云南省自然科学基金(No.2004C0025Q)
【所属期刊栏目】西南农业学报
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