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基因表达数据聚类分析方法比较研究

2014-09-29分类号:Q348

【作者】张瑾1  2  岳超1  3  章元明1
【部门】1. 南京农业大学作物遗传与种质创新国家重点实验室  2. 南京农业大学理学院  江苏南京210095  3. 江苏中烟工业有限责任公司  江苏  南京210019
【摘要】利用广泛使用的基因芯片技术产生的数万个基因表达数据,通过生物信息学分析方法,可揭示基因的功能和相互作用。聚类分析是一种主要的生物信息学分析方法,能高效地发掘功能一致的基因。针对基因表达谱聚类分析方法较多、应用者选择方法困难的问题,本研究利用三组基因表达谱模拟数据和一组酵母菌基因表达实际数据,通过Caliski-Harabasz指数、灵敏值和正确分类百分数三种指标,比较了平滑样条聚类、数量性状关联聚类和局部逼近模糊聚类法三种经典方法。结果表明:平滑样条聚类法的Caliski-Harabasz指数平均数最大、灵敏值平均数最小和正确分类百分数最大,为最优方法;关联聚类次之,局部逼近模糊聚类最差。这一...
【关键词】聚类分析  Caliski-Harabasz指数  灵敏值  正确分类百分数  基因表达谱
【基金】中央高校基本科研业务费青年基金项目(KJQN201414);国家自然科学基金青年基金项目(31301229)
【所属期刊栏目】南京农业大学学报
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