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家蚕基因组中SnoRNA(Box C/D)的生物信息学分析与研究

2007-01-10分类号:S881.2

【作者】余东亮  汪旭升  徐飞  傅衍  
【部门】浙江大学沃森基因组科学研究院  浙江大学动物科学学院 杭州310029  浙江大学农业与生物技术学院生物信息学研究所  浙江大学农业与生物技术学院生物信息学研究所  浙江大学沃森基因组科学研究院  浙江大学动物科学学院  杭州310029  杭州310029  杭州310029  杭州310029  杭州310029
【摘要】【目的】探索生物信息方法在家蚕基因组snoRNA预测中的应用,了解snoRNA在家蚕基因组的分布和结构特征。【方法】利用已有和自行设计的生物信息工具对家蚕基因组中BoxC/DsnoRNA进行预测和手工校正。【结果】获到家蚕基因组中的70个snoRNA和56个推测的甲基化位点。结构分析发现D′box和末端茎环结构的不保守性;分析snoRNA在基因组上的分布,未发现普遍的成簇分布的现象,且内含子和基因间隔区的snoRNA数目接近;预测得到的家蚕BoxC/DsnoRNA与已报道果蝇BoxC/DsnoRNA进行相似性分析,表明两个物种的BoxC/DsnoRNAs在一级结构上存在较大的差异。【结论】基于...
【关键词】家蚕(Bombyxmori)  BoxC/DsnoRNA  甲基化  计算机预测  非编码RNA
【基金】国家重点基础研究发展计划“973”项目(2004CB117500)
【所属期刊栏目】中国农业科学
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