从绵羊UniGene数据库中筛选微卫星标记的初步研究
2007-11-25分类号:S826
【部门】西北农林科技大学动物科技学院 西北农林科技大学动物科技学院 中国农业科学院北京畜牧兽医研究所 中国农业科学院北京畜牧兽医研究所 中国农业科学院北京畜牧兽医研究所 陕西杨凌712100 中国农业科学院北京畜牧兽医研究所 北京100094 陕西杨凌712100 北京100094 北京100094 北京100094
【摘要】为了利用生物信息学方法筛选绵羊微卫星标记,利用SSRIT和SSRFinder软件对绵羊UniGene数据库的4 081个簇进行搜索,筛选绵羊EST-SSRs标记。结果表明,从绵羊UniGene数据库中搜索到微卫星136个,含有微卫星的序列121个,占整个EST序列数据库的3.0%,其中双碱基重复47个,三碱基重复54个,四碱基重复3个,五碱基重复4个,六碱基重复28个。在这些微卫星序列中,AC/TG重复在双碱基类型中最丰富,CTG重复在三碱基类型中最常见,分别占双碱基和三碱基微卫星序列总数的64%和29%。根据筛选到的微卫星序列设计并合成引物30对,在设计的30对引物中,20对引物有扩增产物,...
【关键词】绵羊 表达序列分析 微卫星 SSR
【基金】国家“863”计划项目(2006AA10Z199); 农林动植物育种工程项目(2006BAD01A11)
【所属期刊栏目】西北农林科技大学学报(自然科学版)
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