【摘要】主体功能区是我国区域发展战略的重要创新。在明晰主体功能区管治内涵的基础上,文章指出,主体功能区管治具有目标上的多元统一性、政策与机制的配套性、手段与目标的一体性、主体的模糊性、层次上的多级交错性等管治特征;应坚持市场主导、政府推动、动态开放、因地制宜、规范有序等管治原则;理论层面上,"双层制多中心"管理体制是主体功能区管治模式的基本架构,实践上应通过"复合行政"实现自下而上与自上而下相结合的联合管治;管治政策上,在通过区域性财政、投资、产业、土地、人口管理、环境保护、绩效评价和政绩考核等政策实现分区管治的同时,应注重政策的细化、扩充、对接与协调,实施主体功能区分级管治。