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计算识别水稻基因组中microRNA基因

2006-12-25分类号:S511

【作者】金伟波  吴方丽  孔栋  郭蔼光  杨淑慎  
【部门】西北农林科技大学生命科学学院  西北农林科技大学生命科学学院  西北农林科技大学生命科学学院  西北农林科技大学生命科学学院  西北农林科技大学生命科学学院 陕西杨凌712100  西北农林科技大学陕西省农业分子生物学重点实验室  陕西杨凌712100  陕西杨凌712100  陕西杨凌712100  陕西杨凌712100  西北农林科技大学陕西省农业分子生物学重点实验室  陕西杨凌712100  陕西杨凌712100
【摘要】一些低丰度的m iRNA和组织特异性m iRNA往往很难发现,利用生物信息学方法,根据已知水稻m iRNA的各种属性,设计m iRNA前体预测程序——P reM iRF ind,从全基因组范围中预测出1 375条m iRNA前体,然后利用已知拟南芥的m iRNA对这1 375条前体进行同源检索,找出166条m iRNA前体,再用水稻已知的m iRNA对这166条序列进行检索,发现其中153条与已知的水稻m icroRNA完全相同,对剩余的13条m iRNA前体预测序列用m Fo ld作进一步结构分析,最后得到10条新的候选m iRNA基因序列。
【关键词】水稻基因组  RNAfold  microRNA
【基金】国家转基因研究与产业化开发专项(JY03A-11-01); 陕西省农业分子生物学重点实验室项目
【所属期刊栏目】西北农林科技大学学报(自然科学版)
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