全基因组预测稻瘟菌的分泌蛋白
2006-12-10分类号：S435.111.41
【部门】福建农林大学功能基因组学研究中心/福建农林大学生物农药与化学生物学教育部重点实验室 福建农林大学功能基因组学研究中心/福建农林大学生物农药与化学生物学教育部重点实验室 福建农林大学功能基因组学研究中心/福建农林大学生物农药与化学生物学教育部重点实验室 福建农林大学功能基因组学研究中心/福建农林大学生物农药与化学生物学教育部重点实验室 福建农林大学功能基因组学研究中心/福建农林大学生物农药与化学生物学教育部重点实验室 福建农林大学功能基因组学研究中心/福建农林大学生物农药与化学生物学教育部重点实验室 福州350002 福州350002 福州350002 福州350002 福州350002 福州3...
【摘要】目的分泌蛋白多为病原微生物与植物受体蛋白起作用的激发子和其它致病因子,深入研究分泌蛋白将有助于明确植物与病原微生物互作的分子机制。利用稻瘟菌基因组学研究成果,结合计算机技术和生物信息学的方法,分析其分泌蛋白组学,将有助于全面掌握其致病因子的结构与功能。方法利用SignalP对稻瘟菌基因库中所有ORF的N-端信号肽存在与否进行预测,再依次通过Protcomp、TMHMM、big-PIPredictor和TargetP预测程序进行验证,寻找出所有可编码信号肽的基因。结果对11108个稻瘟菌的ORF进行分析,最终预测出共有1235个ORF可编码分泌蛋白。结论经验证此预测方法之可靠性较高,这为深入研究...
【关键词】稻瘟菌 分泌蛋白 信号肽 预测程序
【基金】国家自然科学基金(30471132); 福建自然科学基金重点项目(B0520002)
【所属期刊栏目】中国农业科学
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