【摘要】当前我国“双一流”高校建设正处于关键阶段，高校财务治理体系与治理能力是“双一流”建设的重要财务表现。二级学院作为高校学科建设的主战场，其发展前景对学校“双一流”建设具有重要影响。文章从当前高校对二级学院预算分配的主要困境出发，以《事业单位成本核算具体指引——高等学校》为指导，构建二级学院教育成本核算体系，进而为预算分配提出创新思路与方法。