玉米大斑病菌基因组SSR位点分析及其多态性引物筛选
2024-08-21分类号:S435.131.4
【部门】山西农业大学植物保护学院
【摘要】【目的】探究玉米大斑病菌(Exserohilum turcicum)基因组简单重复序列(SSR)位点信息特征,并筛选和验证多态性引物,为后续玉米大斑病菌遗传多样分析及遗传图谱的构建奠定基础。【方法】利用MISA软件对已有玉米大斑病菌基因组序列进行SSR位点检索;采用Primer 3.0设计SSR引物,通过非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳对SSR引物多态性进行筛选和验证。【结果】玉米大斑病菌30条染色体基因组中共搜索到12 046个SSR位点,SSR位点平均密度为276.9个·Mb-1。其中:三核苷酸重复型SSR最多,占总SSR数量的31.38%;五核苷酸重复型SSR最少,占总SSR数量的2.10%。全基因组中共检测到203种碱基重复类型,其中,C/G重复类型最多,SSR位点数量为2 299个,占比19.09%,AC/GT次之(1 669个,占比13.86%)。SSR位点的重复次数主要集中在5~16次,占总SSR数量的91.38%;重复次数为10次的SSR位点数量最多,占总SSR数量的18.40%;SSR序列长度范围为10~300 bp,其中,10~20 bp占比最多,占总SSR数量的72.12%。通过非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳,从78对引物中筛选出25对扩增性好且多态性高的SSR引物。【结论】玉米大斑病菌基因组含有丰富的SSR位点,具有开发多态性SSR引物的潜力;筛选的25对扩增性好且多态性高的SSR引物可用于后续玉米大斑病菌的鉴定、遗传多样性分析及遗传图谱构建等研究。
【关键词】玉米大斑病菌 基因组 简单重复序列 分子标记 多态性引物
【基金】山西省玉米品种试验抗病性鉴定专项(2022QT011、2023QT039)
【所属期刊栏目】福建农林大学学报(自然科学版)
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