【摘要】为了高效保护、管理以及利用大黄鱼种质资源，迫切需要开发精准的大黄鱼遗传种质鉴定技术。基于前期开发的大黄鱼“宁芯3号”55K液相基因分型芯片，本研究对中国沿海野生群体、闽浙养殖群体和多个选育系共计21个大黄鱼群体进行遗传种质鉴定。群体遗传学分析结果揭示大黄鱼群体可划分为南海群体、闽东群体和岱衢群体，其中南海群体遗传分化最为显著。基于机器学习的大黄鱼群体分类结果显示，未知大黄鱼个体所属地理群体鉴定准确率大于99%。未知大黄鱼个体所属遗传改良选育系也具有极高的鉴定准确率，例如经过3代选育的抗刺激隐核虫新品系 GS3F3，基于神经网络的鉴定精确率可以达到99%。研究表明，利用“宁芯3号”芯片和机器学习方法可快速实现大黄鱼种质的精准鉴定。本研究为大黄鱼种质资源精准鉴定和种质管理、育种材料和新品种知识产权保护等提供了有效的工具和解决方案，也可为其他水产生物种质资源鉴定提供借鉴。