云南栘[木衣]bHLH转录因子家族鉴定与分析
2024-07-25分类号:S792.99
【部门】西南林业大学林学院/西南山地森林资源保育与利用教育部重点实验室/云南省高校林木遗传改良与繁育重点实验室 云南省热带作物科学研究所
【摘要】【目的】为鉴定和分析云南栘[木衣](Docynia delavayi)bHLH(DdbHLH)转录因子家族,筛选与果皮花青素生物合成相关的DdbHLH转录因子。【方法】基于云南栘[木衣]红、绿2 种颜色果皮的转录组数据,对DdbHLH转录因子家族进行鉴定,并通过生物信息学工具分析对其bHLH保守结构域、蛋白理化性质、系统进化发育关系,以及基因的表达情况进行分析。【结果】在云南栘[木衣]中共鉴定到177 个DdbHLH转录因子家族成员,其氨基酸长度为69~699 aa,相对分子质量为7.965~75.419 kDa,平均理论等电点为6.93,大部分属于不稳定亲水蛋白。系统发育进化关系显示,DdbHLH转录因子与拟南芥AtbHLH转录因子共同聚类的有15 个亚族,17 个DdbHLH转录因子聚类到与花青素相关的第2亚族;结合红、绿果皮中DdbHLH基因表达情况,初步筛选了11 个在红色果皮中的表达量较高的成员,对这11 个成员进行差异表达分析,最终获得2 个可能参与调控花青素生物合成的DdbHLH基因;再对这2 个DdbHLH基因进行RT-qPCR检测,结果显示其相对表达量与转录组测序情况基本一致,证实了转录组测序结果的可靠性。【结论】从云南栘[木衣]红、绿果皮转录组数据中鉴定到177 个DdbHLH转录因子家族成员,筛选到2 个转录因子(DdbHLH68、DdbHLH150)与果皮花青素生物合成相关的成员,为DdbHLH转录因子家族在调控云南栘[木衣]果皮色泽方面的研究奠定了基础。
【关键词】云南栘[木衣] bHLH转录因子 转录组 果皮颜色 表达分析 生物信息学
【基金】国家自然科学基金项目(32060350);; 云南省万人计划青年拔尖人才专项(YNWR-QNBJ-2020-230)
【所属期刊栏目】西南农业学报
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