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高粱SbPGAM5基因克隆及生物信息学分析

2024-09-25分类号:S514

【作者】石文淇   李鲁华
【部门】贵州大学农学院  国家小麦改良中心贵州分中心  
【摘要】【目的】探明SbPGAM5基因在高粱生长发育中的生物学功能,为研究PGAM家族在高粱中的生物学功能提供依据。【方法】采用生物信息学工具与qRT-PCR等方法从高粱BTx642中克隆得到SbPGAM5基因并对其相关生物信息学分析及其在根、茎、叶中的表达进行研究。【结果】成功克隆高粱SbPGAM5基因,基因开放阅读框为912 bp,包含303个氨基酸的编码序列。其基因编码蛋白为无信号肽的不稳定亲水性非分泌蛋白,共有35个磷酸化位点,定位于叶绿体上。基因启动子顺式作用元件中含生长素、脱落酸、赤霉素和茉莉酸甲酯4种植物激素的作用元件,以及响应无氧、干旱、光反应的作用元件。系统进化树显示,SbPGAM5蛋白与谷子亲缘关系最近。多重序列比对结合蛋白三级结构预测推测结果SbPGAM5蛋白在生物学功能上与水稻同源蛋白更接近。组织表达模式检测结果发现,SbPGAM5基因在不同组织中的表达呈现组织特异性,其在叶中的表达量最高,可能表明该基因参与高粱光合作用等叶片生理过程。结合SbPGAM5基因启动子顺势作用元件分析,其可能表明SbPGAM5在植物的光合作用等叶片生理活动与环境干旱胁迫中具有重要调控作用。【结论】本研究成功克隆SbPGAM5基因,进行了初步的生物信息学分析并检测了其在根、茎、叶中的表达情况,为深入了解该基因的生物学功能提供了一定理论支持。
【关键词】高粱  SbPGAM5  生物信息学  基因克隆
【基金】国家自然科学基金项目“小麦SLC25A4基因调控花青素合成的功能鉴定与分子机理研究”(32160456);“基于QTL定位和转录组联合分析挖掘小麦ZY96-3籽粒灌浆速率快的候选基因”(32360474);; 贵州省粮油作物分子育种重点实验室项目“贵州省粮油作物分子育种重点实验室”(黔科合中引地[2023]008);; 贵州省高等学校功能农业重点实验室项目“贵州省高等学校功能农业重点实验室”(黔教技[2023]007号)
【所属期刊栏目】西南农业学报
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