【摘要】【目的】探索川西高原大棚番茄感病后根际细菌群落的响应状况。【方法】利用高通量技术分析四川省甘孜州道孚县和炉霍县高原大棚健康番茄和发病番茄根际土壤微生物群落的结构特征。【结果】①番茄发病状况可解释土壤细菌群落结构23%的总方差。②道孚县土壤样品的细菌物种数比炉霍县略高，发病植株比健康植株的细菌物种数略低，但都未达到显著水平。③暖发菌门、厚壁菌门、候选门GAL15、螺旋体门的相对丰度在番茄发病后明显降低，而绿弯菌门、候选门RCP2-54、候选门SAR324、异常球菌门的相对丰度则在番茄发病后明显增加。④土壤细菌群落结构的7类功能参与了川西高原大棚番茄的健康管理，其中道孚县土壤细菌的铁呼吸功能减弱、芳香化合物降解功能增强，而炉霍县的发酵功能得到较大提升。⑤番茄根际土壤中，道孚县有127个菌种显著响应发病，炉霍县有64个菌种显著响应发病。⑥道孚县根际细菌结构与功能变化源于土壤pH的降低，而炉霍县根际细菌结构与功能变化源于土壤有机质含量的增加。【结论】川西高原大棚土壤微生物功能健全，且在番茄发病过程中能够主动招募有益微生物菌群以应对病害，如道孚县的芽单胞菌属（Gemmatimonas sp.）和炉霍县的异常球菌门细菌（Deinococcota）。