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3种栗属植物NAC基因家族的鉴定及密码子偏好性分析

2024-07-25分类号:S664.2

【作者】付丽枝   杨涌   郭江辉   刘静   王萌   王旋   王东升   于立洋   张海娥
【部门】河北科技师范学院园艺科技学院  板栗产业技术教育部工程研究中心  河北省特色园艺种质挖掘与创新利用重点实验室  河北省板栗产业协同创新中心  
【摘要】【目的】旨在鉴定3种栗属植物NAC基因家族,同时分析其密码子偏好性,为进一步探究栗属植物NAC基因家族功能提供重要理论依据。【方法】使用生物信息学方法,对3种栗属植物的染色体位置、系统进化关系、蛋白基序、所受选择压力、密码子偏好性等方面进行分析。【结果】本研究共鉴定到333个栗属植物NAC基因家族成员,其不均等分布在各个染色体上;进化树分析显示其分为5个小组;蛋白基序分析显示5个小组都包含保守的Motif 1~Motif 7;共线性分析显示其在基因组内与组间包含极强的共线性关系且多数共线性基因对都在经历纯化选择压力;密码子偏好性分析显示其密码子偏好性较弱;中性绘图分析与ENC-plot绘图分析显示其密码子偏好性受自然选择压力更大;最优密码子分析显示3种栗属植物的NAC基因家族共同包含11个最优密码子,例如CAU、UAA、GUU等;与模式植物比较密码子使用频率发现拟南芥、烟草、番茄均为3种栗属植物合适的外源受体。【结论】本研究全面了解栗属植物NAC基因家族成员的进化关系、选择压力、密码子偏好性等,为今后期通过分子生物学手段提高栗属植物NAC基因表达效率奠定了理论基础。
【关键词】栗属植物  NAC基因家族  选择压力  密码子偏好性
【基金】
【所属期刊栏目】西南农业学报
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