芦竹TCP家族的基因鉴定与盐胁迫下的表达分析
2024-07-01分类号:S795.8
【部门】宁夏农林科学院农业生物技术研究中心 宁夏农业生物技术重点实验室
【摘要】芦竹(Arundo donax L.)生长周期短、纤维素及粗蛋白含量高,在燃烧过程中能够产生较高的热值,是一种新型的经济能源饲草,具有广阔的应用前景。TCP是一类植物特有的转录因子,在调控植物生长发育过程中具有重要作用,但目前该基因家族在芦竹中的分布以及生物学功能未见报道。本研究以芦竹为对象,利用生物信息学方法对AdTCP基因家族的基本理化性质、染色体定位、基因间的共线性关系、基因结构、蛋白的保守基序、多序列比对及与其他物种的亲缘进化关系进行了系统分析,运用实时荧光定量PCR测定了盐胁迫下7个AdTCP基因的相对表达量。结果表明,芦竹含有37个AdTCP基因,分布在不同染色体上。其蛋白理化性质各不相同,且均为亲水性、不稳定蛋白,多数定位在细胞核中。该家族基因结构中均只含有外显子,无内含子,共线性分析鉴定出22个片段复制基因对;其家族蛋白包含15个不同的保守基序,序列相似性为30.52%。通过与拟南芥、水稻TCP基因进行亲缘关系比较,结果发现82个TCPs可以分为TCP-P和TCP-C两大亚家族,其中TCP-P仅包含PCF分支,而TCP-C包含CYC与CIN两个分支。随着盐胁迫浓度的升高,7个AdTCP基因的表达量呈现先上升后下降的趋势,说明AdTCP参与盐胁迫响应过程。本研究为解析芦竹基因功能及创制芦竹新种质奠定基础。
【关键词】芦竹 TCP转录因子 基因家族鉴定
【基金】宁夏回族自治区重点研发计划项目(2022BBF03033)资助
【所属期刊栏目】草业科学
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