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苏丹草叶绿体基因组特征及系统发育分析

2024-07-18分类号:S544.1

【作者】尹明华   李文婷   欧阳茜   王美暄   徐子林   张钦荣   张牧彤   黄添慧   何凡凡   乐芸   张嘉欣   柴桑雪
【部门】上饶师范学院生命科学学院  上饶农业技术创新研究院  上饶市药食同源植物资源保护与利用重点实验室  上饶市薯芋类作物种质保存与利用重点实验室  
【摘要】通过DNBSEQ-T7测序平台对苏丹草叶绿体基因组进行了测序,并对其结构特征、系统进化关系以及密码子偏好性进行了分析。结果表明,苏丹草叶绿体基因组为典型的四分体结构,长度为140754 bp,共注释了86个CDS(蛋白编码)基因、38个tRNA(转运RNA)基因和8个rRNA(核糖体RNA)基因,缺失ccD和ycf1基因;苏丹草叶绿体基因组共检测到27个简单序列重复(simple sequence repeat,SSR)和47个长重复序列(long repeat sequence,Longrepeat);LSC(大单拷贝)区和SSC(小单拷贝)区的核苷酸多态性显著高于IR(反向重复)区,LSC区的变异性大于SSC区和IR区,Pi(核苷酸多样性)变化范围为0-0.01852,通过Pi(≥0.01215)筛选出10个高变异区域,均位于LSC区;苏丹草及其11个近缘种叶绿体基因组密码子各位置GC含量不同,偏好以A/U结尾,平均ENC值为47.50,密码子偏性较弱;影响苏丹草及其11个近缘种密码子使用偏性的主要因素为自然选择,内部突变压力的影响较小;苏丹草叶绿体基因的最优密码子共15个(CAA、AAA、UUU、UAU、AUU、UAA、GCA、CCA、ACU、GUA、AGA、CGA、CUU、UCC、UCU),均以A、U结尾;苏丹草与高粱双色亚种Sorghum bicolor subsp. drummondii (MW999225)亲缘关系较近。本试验结果能为苏丹草分子标记的开发、遗传多样性以及进一步研究高粱属植物的保护生物学和种群遗传学提供参考。
【关键词】苏丹草  叶绿体基因组  序列特征  密码子偏好性  最优密码子  系统发育分析
【基金】国家自然科学基金资助目(31860084;31960079;32060092);; 江西省现代农业产业技术体系建设专项(JXARS-13-赣东站)
【所属期刊栏目】草业科学
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