【摘要】【目的】探明落叶松针叶和梢的内生真菌多样性和群落结构的差异与落叶松枯梢病发病的关系，为落叶松枯梢病的防控提供参考。【方法】基于高通量测序技术，通过OTU数量、鉴定类群、多样性指数及FUNGuild营养型预测等方法，分析无病斑和染病的针叶和松梢的内生真菌群落结构、多样性和功能营养型的差异。【结果】针叶样品中共计1 091个OTU，梢样品中共计1 083个OTU；针叶样本间差异显著（P＜0.05），全无病斑的针叶内生真菌多样性显著高于染病最重的针叶，无病斑梢与感病梢内生真菌多样性无显著差异；针叶和梢中的优势菌门为子囊菌门（Ascomycota），无病斑的针叶内生真菌优势菌目和属为刺盾炱目Chaetothyriales和Arthrocatena，染病后针叶优势真菌为葡萄座腔菌目（Botryosphaeriales）和新壳梭孢属（Neofusicoccum），梢中优势真菌目和属为煤炱目（Capnodiales）和小叠孢属（Microcyclosporella）；LefSe分析表明在针叶和梢中真菌群落中共54个显著性差异类群；PCoA分析进一步证实无病斑与染病针叶的内生真菌群落差异显著（anosim R=0.695，P＜0.05）；针叶真菌营养型以病理-腐生营养型真菌为主，染病后病理营养型真菌占优势，梢中真菌营养型以病理-腐生营养型真菌为主。【结论】相较于落叶松梢，针叶内生真菌群落结构变化更显著，病原菌在针叶中富集，进而促进落叶松枯梢病的发展。