清远麻鸡miR-142-3p分析及其关键靶基因的筛选
2024-06-06分类号:S831.2
【部门】四川省畜牧科学研究院动物遗传育种重点实验室
【摘要】为分析清远麻鸡不同组织中miR-142-3p的表达情况,并筛选其在脾脏中的关键靶基因,本研究利用在线数据库预测鸡miR-142-3p靶基因,并对靶基因进行GO和KEGG富集分析以及构建蛋白-蛋白互作网络。利用在线公共数据库,分析脾脏相对于其他组织的miR-142-3p表达量;再根据miRNA表达量与其靶基因表达量负相关机制,对miR-142-3p靶基因与脾脏中相对其他组织显著下调基因取交集,筛选潜在靶基因。结果表明:1)预测获得85个靶基因,GO富集分析显示,靶基因参与多种高分子化合物的合成与转运过程。2)KEGG结果显示富集到MAPK、Notch、Wnt等多条与抗肿瘤免疫相关的信号通路。3)PPI网络共筛选到4个Hub基因。4)miR-142-3p在脾脏中的表达量极显著高于肝脏、肺脏、胸肌、心脏和肾脏(P<0.01)。5)共筛选到TWF1、MYH10、NFIB、FNBP1L和FERMT2 5个靶基因。综上,鸡miR-142-3p在脾脏中很可能通过TWF1、MYH10、NFIB、FNBP1L和FERMT2发挥生物学功能。本研究为解析鸡miR-142-3p的功能及其分子机制提供了参考和依据。
【关键词】清远麻鸡 miR-142-3p 生物信息学 组织表达 脾脏
【基金】国家肉鸡产业技术体系项目(CARS-41-G07);; “十四五”四川省畜禽育种攻关项目(2021YFYZ0031);; 四川省区域创新合作项目(2023YFQ0035)
【所属期刊栏目】中国农业大学学报
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