【摘要】【目的】棉花是一种异源四倍体作物，基因组结构复杂，常异花授粉的繁殖方式也导致棉花品种难以实现高度纯合；棉种市场缺乏有效的监管技术手段，品种多乱杂现象长期存在，严重影响纤维品质一致性。构建中国近20年棉花审定品种标准样品的DNA指纹库，探索棉花品种高通量SSR身份鉴定模式，为棉花品种真实性鉴定和新品种特异性鉴定提供依据；分析审定品种的遗传多样性和群体分化，为棉花不同生态区的适应性鉴定和培育适应新环境的品种提供理论基础。【方法】基于多重PCR技术和毛细管电泳检测方法，使用筛选得到的60个SSR标记构建1 015份棉花审定品种标准样品的DNA指纹库，通过植物品种DNA指纹库管理系统对审定品种SSR指纹进行两两比对，分析审定品种的遗传差异，筛选用于品种鉴定的核心SSR位点。利用聚类分析法和群体结构分析法分析1 015份棉花审定品种的遗传多样性，并计算群体间遗传分化指数。【结果】60个SSR标记在1 015个审定品种中共扩增出216种等位变异，平均等位变异数为3.6，平均PIC值为0.37。1 015个审定品种的SSR指纹进行两两比较，共产生513 591组结果，样品间最大差异位点数为58个。差异位点百分比主要集中在41%—70%，涉及428 115组，占83.36%；其中，差异位点百分比在51%—60%时，涉及组数最多，为197 829组，占38.52%。品种间差异位点百分比大于20%时，占所有品种两两比对组数的99%以上，差异位点百分比低于20%的比对结果只占0.58%。基于组合鉴定法，筛选一套包含10个SSR位点的核心位点组合，在1 015个品种中鉴别能力达到99%。聚类结果和群体结构分析表明，1 015个品种被清晰地划分为5个亚群，G1(n=240）为早熟棉亚群，主要分布于中国北部和西北内陆地区，该亚群品种遗传多样性最丰富，品种间平均遗传距离为0.419。G2(n=277）亚群为中熟棉亚群，分布于长江流域，该亚群杂交种较多，亚群内平均遗传距离为0.309。G3(n=109）亚群属于早熟、中熟棉亚群，分布于河北黑龙港地区，该亚群品种遗传组分相对单一，亚群内平均遗传距离在陆地棉群体中最小，仅为0.150。G4(n=254）亚群属于中早熟棉亚群，主要分布于黄河流域，群体内平均遗传距离为0.307。G5(n=37）亚群由37份海岛棉组成，群体内平均遗传距离最小，为0.149。海岛棉与陆地棉之间遗传分化水平最高，平均F_(ST)值为0.503；陆地棉群体内，G3亚群与其他亚群之间遗传分化水平最高，F_(ST)值为0.193—0.242。长江流域与黄河流域相比，遗传分化水平最低，F_(ST)值为0.112。【结论】构建了1 015个中国近20年审定品种标准样品DNA指纹库，筛选了一套包含10个SSR位点的核心标记组合，可以清晰地鉴别99%以上的品种，创建了“核心位点+扩展位点”的高通量棉花鉴定模式；1 015个品种被划分为5个亚群，其中，陆地棉具有明显的地理分布特征。