【摘要】为了研究谷子基因组中SSR的分布偏好，采用生物信息学方法搜索和分析了谷子基因组中SSR在基因座5′侧翼区、3′侧翼区、外显子区和内含子区的分布规律。结果发现，随着5′侧翼区与起始密码子间距离的增加，SSR在5′侧翼区的频率与其基因组频率的比值(相对频率)逐渐下降，在1～700 bp区域内相对频率远大于1.50,而在3′侧翼区、外显子区和内含子区中SSR的相对频率均接近1.00。进一步分析发现，随着5′侧翼区与起始密码子间距离的增加，不同单一SSR类型的相对频率的变化趋势各不相同，总体上，包括CCG、AG、AGG、AGGG、ACC和AGC在内的这6个SSR类型在5′侧翼区的频率和相对频率均较高，其中，AG在5′侧翼区相对频率大于1.5的区域最大(1～1 800 bp),而在CCG的区域最小(1～200 bp)。在外显子区，CCG、AGG、AGC、ACG和ACC这5个高C/G含量的三碱基SSR类型具有较高的频率和相对频率。综上，SSR在基因座5′侧翼区1～700 bp内特异性出现，其中，包括CCG、AG、AGG、AGGG、ACC和AGC在内的6个SSR类型为主要的特异性分布类型；而在基因座3′侧翼区、外显子区和内含子区中，SSR的分布与整个基因组无明显差别，但在外显子区，CCG、AGG、AGC、ACG和ACC这5个SSR类型具有明显的分布特异性。