【摘要】近年来，国家财政部、卫生健康委员会等单位相继印发了《行政事业单位内部控制规范（试行）》等相关内部控制制度，使得加强和完善内部控制已成为实现政策目标、防范运营风险的有效手段。公立医院作为科研经费投放和运行的重要载体，科研经费内部控制在细化内部控制建设、防范科研经费风险、激发科研工作活力方面发挥着重要作用。文章分析了公立医院科研经费管理在控制环境、风险评估、控制活动、信息沟通和监督等方面存在的主要问题，并基于内控管理视角提出了完善控制环境、提高内部控制管理意识、完善制度建设、加强风险评估、强化监督检查等意见和建议。