【摘要】国家推进科研“放管服”工作以来，项目经费“包干制”的改革试点无疑是其中一项重要且备受关注的举措，各地区都在积极开展和探索科研项目经费“包干制”的实施方法。2021年国务院办公厅发布了《关于改革完善中央财政科研经费管理的若干意见》，要求扩大经费“包干制”实施范围，同时文件要求项目承担单位要动态监管经费使用并实时预警提醒，确保经费合理规范使用，高校面临法人主体责任和财务监管风险增大的双重压力。文章从内部控制角度分析了高等学校科研项目经费“包干制”实施的现状和问题，提出了内部控制关键要素和管理提升的建议。