【摘要】【目的】筛选出一套SSR核心引物，建立苦瓜品种分子鉴定体系和SSR指纹图谱库，为苦瓜品种鉴定、纯度鉴定和新品种权保护等提供技术支撑。【方法】选用表型差异大的8个苦瓜代表性品种，通过6%聚丙烯酰胺凝胶电泳对138对SSR引物进行初步筛选，将筛选出的引物5'端进行荧光标记。选取不同地理来源的95个苦瓜品种进行PCR扩增，经荧光毛细管电泳检测，计算各引物的区分率、PIC值、等位基因数等参数，复选一套区分率高、多态性良好的SSR引物组合。将复选得到的引物对另外113个苦瓜品种进行检测，筛选出SSR核心引物，构建苦瓜品种DNA指纹图谱库。【结果】使用聚丙烯酰胺凝胶电泳初步筛选出45对特异性强、多态性高、条带清晰的SSR引物。使用荧光毛细管电泳，从小群体至大群体最终筛选出20对SSR核心引物。核心引物分4组进行多重电泳，采集了208个苦瓜品种的DNA指纹数据。20对SSR核心引物共检测到65个等位变异，102种基因型。在此基础上，选取12个参照品种，可覆盖所有等位变异类型。经构建系统发育树分析，208个苦瓜品种被分为两类，20对SSR核心引物适用于苦瓜群体遗传多样性分析。核心引物可以将208个苦瓜品种中的202个区分开，区分率达到97.11%。使用11组亲本与杂交种材料进行亲缘关系鉴定，基本符合孟德尔遗传定律，其中2组各出现1个片段丢失的位点，可为苦瓜杂交种关系鉴定的判定阈值提供参考。【结论】本研究基于20对SSR核心引物构建的苦瓜品种分子鉴定体系鉴定效果好，应用性强，可用于苦瓜品种真实性鉴定、纯度鉴定、杂交种关系鉴定、辅助DUS测试筛选近似品种和新品种权保护等。