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黔北黑猪骨骼肌中肌纤维类型转化相关circRNAs的筛选

2024-04-25分类号:S828

【作者】赵园园   孟金柱   宋兴超   安清明   吴震洋
【部门】铜仁学院农林工程与规划学院  湖南农业大学动物医学院  
【摘要】选取9头6月龄健康黔北黑猪,随机分成3组,采集背最长肌(LDM)和腰大肌(PMM)肌肉组织,通过RNA–seq构建环状RNA(circRNAs)的表达谱,筛选差异表达的circRNAs,在黔北黑猪2种肌肉中共鉴定出63个差异表达circRNAs,其中31个在LDM中表达上调,32个表达下调;对差异表达circRNAs的源基因进行GO、KEGG富集分析,结果表明,差异表达的circRNAs的源基因主要富集在磷酸酶活性的调控、肌节组织活动、肌球蛋白–轻链–磷酸酶活性的正调控等条目;富集的KEGG通路中与肌纤维类型转化相关的通路包括肌动蛋白细胞骨架的调控、ECM–受体互作、PI3K–Akt信号通路。预测差异表达circRNA的靶miRNAs,并筛选对应的靶m RNAs,构建的circRNA–miRNA–m RNA调控网络显示,circ_0003749–miR–27a–MSTN、circ_0003749–miR–27a–PPARγ、circ_0012316–mi R–23a–Myh1/2/4、circ_0007093–mi R–214–3p–MEF2C、circ_0010118–mi R–132–Fox O1和circ_0010118–mi R–374a–5p–FoxO1可能通过ce RNA网络调控肌纤维类型的转化。
【关键词】黔北黑猪  骨骼肌  肌纤维类型转化  circRNA–miRNA–m RNA网络
【基金】贵州省教育厅青年科技人才成长项目(黔教合KY字[2020]166);; 贵州省科学技术厅高层次创新型人才培养项目(千层次)(2022–(2020)–044);贵州省科学技术厅重点实验室项目(黔科合平台人才[2020]2003号);; 铜仁市科技局科技支撑计划项目(铜市科研[2020]128号)
【所属期刊栏目】湖南农业大学学报(自然科学版)
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