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三桠苦叶绿体基因组结构和序列特征分析

2024-04-25分类号:S567.19

【作者】吴民华   陈依虹   谭靖怡   邹山扬   叶晓霞   黄琼林
【部门】广东医科大学基础医学院  广东医科大学第一临床医学院  广东医科大学药学院  
【摘要】为了探明岭南地区特色中药三桠苦的叶绿体基因组结构和序列特征,以三桠苦叶片为材料,采用试剂盒法提取DNA和构建测序文库,利用Novaseq平台进行高通量测序,再结合生物信息学手段进行序列拼接、注释和特征分析。结果显示:三桠苦叶绿体基因组为158 992 bp的环状四分体分子,含有134个基因;在三桠苦叶绿体基因组内找到86个简单重复序列,主要是A/T单核苷酸重复;检测到26 907个密码子,以A/T结尾的密码子有着更高的使用频次;序列比较分析表明,三桠苦与同科植物在非编码区存在更明显的序列变异;系统进化树揭示不同来源的三桠苦亲缘关系最近,但在基因组成和碱基序列上呈现出多样性。
【关键词】三桠苦  叶绿体基因组  结构特征  序列比对
【基金】广东省基础与应用基础研究基金项目(2018A030310116);; 广东省大学生创新创业训练计划项目(S202310571113);; 湛江市科技计划项目(2019A01008);; 广东医科大学大学生创新创业训练计划项目(GDMU2022113)
【所属期刊栏目】湖南农业大学学报(自然科学版)
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