梅山猪和杜洛克猪卵泡中差异表达lncRNA克隆鉴定及与miRNAs相关性分析
2024-05-01分类号:S828.2
【部门】石河子大学动物科技学院 新疆生猪种业工程技术研究中心
【摘要】【目的】通过克隆鉴定梅山猪和杜洛克猪卵泡期第4天M2卵泡中差异表达的lncRNA-ALDBSSCT0000005583,分析其在猪颗粒细胞与miRNAs表达量的相关性,为探究lncRNA调控miRNA在母猪卵泡发育过程中的作用提供理论依据。【方法】对课题组前期在梅山和杜洛克M2卵泡中筛选出的差异表达lncRNA-ALDBSSCT0000005583,进行RT-qPCR验证,并利用RACE克隆其全长序列;根据编码潜力评估工具CPAT、CPC对该lncRNA的编码能力进行预测,原核表达试验进一步鉴定其编码能力;核质分离试验对lncRNA-ALDBSSCT0000005583进行亚细胞定位,RT-qPCR检测其在各组织中的表达水平;利用miRBase网站查找猪的miRNA数据库,结合RNAhybrid、miRanda在线软件预测与lncRNA-ALDBSSCT0000005583有相互作用的物种间保守miRNA,使用TargetScan和miRanda预测与lncRNA-ALDBSSCT0000005583具有相互作用miRNA的靶基因,并对其靶基因进行GO富集和KEGG信号通路分析;通过过表达以及干扰lncRNA验证其对miRNA表达量的影响。【结果】lncRNAALDBSSCT0000005583在杜洛克猪M2卵泡中的表达量显著高于梅山猪,lncRNA 5'RACE和3'RACE片段大小为569 bp和546 bp,测序分析表明lncRNA-ALDBSSCT0000005583大小为588 bp。生物信息学预测其编码潜能较低,同时原核表达试验结果进一步证明其不编码蛋白质。组织表达谱分析表明,lncRNA-ALDBSSCT0000005583在肾上腺、脾肝和卵巢中表达量较高,在下丘脑和心脏中的表达量较低,亚细胞定位结果显示该lncRNA主要存在于细胞质中。生物信息学分析后共筛选出9个物种间保守的miRNA与lncRNA-ALDBSSCT0000005583具有潜在的相互作用,其中有两个与卵巢发育相关的miRNA:miR-193a-5p、miR-361-3p;KEGG和GO富集分析显示miR-193a-5p、miR-361-3p的靶基因与系统进程和细胞与细胞信号传导等生物学过程有关,并显著参与到催产素、Ras、NF-κB、促性腺激素释放激素分泌等通路。随后在颗粒细胞中过表达lnc RNA-ALDBSSCT0000005583,经RT-qPCR发现miR-193a-5p、miR-361-3p的表达量均显著下调(P<0.05),但干扰lncRNA-ALDBSSCT0000005583后无显著影响。【结论】lncRNA-ALDBSSCT0000005583是一个不具备编码蛋白质能力的lncRNA,在梅山与杜洛克猪中等卵泡间表达量有极显著差异,在肾上腺、脾肝和卵巢中表达量较高,主要存在于颗粒细胞的细胞质中,可能与miR-193a-5p、miR-361-3p相互作用,从而参与猪卵巢颗粒细胞的发育过程。
【关键词】lncRNA-ALDBSSCT0000005583 猪 卵泡 颗粒细胞 miR-193a-5p miR-361-3p
【基金】国家自然科学基金(31960645);; 新疆维吾尔自治区天山英才青年科技拔尖人才项目(2022TSYCCX0047);; 新疆维吾尔自治区第七师胡杨河市“揭榜挂帅”项目(QS2023010)
【所属期刊栏目】中国农业科学
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