重瓣榆叶梅全叶绿体基因组遗传特征分析
2024-04-25分类号:S685.99
【部门】河南科技大学农学院/牡丹学院
【摘要】【目的】对重瓣榆叶梅Prunus triloba ‘Multiplex’全叶绿体基因组序列进行测序,探究其系统发育位置并分析其叶绿体基因组成特点。【方法】以重瓣榆叶梅叶片为材料,采用2×CTAB法提取叶绿体DNA,利用Illumina NovaSeq平台进行叶绿体基因组的测序,组装、注释并分析其叶绿体基因组遗传特征。联合美国国家生物技术信息中心(NCBI)数据库数据,基于全叶绿体基因组序列构建了重瓣榆叶梅系统进化关系。【结果】重瓣榆叶梅叶绿体基因组全长为157 827bp,NCBI登录号MT937181,其结构为经典的四分体结构,由1个大单拷贝区域(LSC),1个小单拷贝区域(SSC)及反向重复区域(IRa/IRb)构成,其序列长度分别为86 032、19 023、26 386 bp。GC和AT的总占比分别为36.80%和63.20%。重瓣榆叶梅的完整叶绿体基因组序列注释到132个基因,包括tRNA基因、编码蛋白基因、rRNA基因,分别为37、87、8个。重瓣榆叶梅叶绿体基因组共编码26 678个密码子和236个符合条件的SSR位点。SSR位点中A/T碱基占优势,碱基偏好性十分明显。【结论】系统进化树分析表明,重瓣榆叶梅和榆叶梅P. triloba聚合成一分支结构,与同属植物长柄扁桃P. pedunculata亲缘关系较近。图4表4参26
【关键词】重瓣榆叶梅 全叶绿体基因组 密码子偏好性 重复序列 系统发育
【基金】河南省特色骨干学科建设项目(17100001);; 河南科技大学博士科研启动基金资助项目(4024-13480114)
【所属期刊栏目】浙江农林大学学报
文献传递