【摘要】【目的】合理公正的分配盈余是农民专业合作社可持续发展的关键，理清合作社盈余分配的影响因素及其内在逻辑，对合作社的高质量发展以及乡村振兴战略的实施具有重要意义。【方法】文章从农民专业合作社内部运营视角出发，依据黑龙江省13个地级市403家合作社的调查数据，运用Logistic-ISM模型分析影响农民专业合作社盈余分配的因素及其内在逻辑。【结果】（1）二元Logistic模型结果显示：合作社示范等级、理事长占股比例、社员大会参与率、独立品牌数量、全体成员大会召开频次显著正向影响合作社盈余分配意愿，合作社运营模式中运营主体数量显著负向影响合作社盈余分配意愿。（2）ISM模型结果显示：合作社运营模式为深层根源影响因素，合作社独立品牌数量、全体成员大会召开频次为中间层间接影响因素，合作社示范等级、理事长占股比例、社员大会参与率为表层直接影响因素。【结论】合作社盈余分配影响因素可归纳为“两驱动，两路径”。为改善合作社盈余分配行为，促进合作社的高质量发展，需加强合作社运营方式、治理结构和产权制度三个方面的规范性。