【摘要】【目的】探究热带雨林2种典型植物（陆均松和青梅）根际真菌群落多样性与组成差异，为保护热带雨林生态系统中珍稀濒危物种的生物多样性提供科学依据。【方法】通过Illumina Miseq 高通量测序法对海南热带雨林陆均松和青梅根际真菌群落组成、多样性及功能进行分析。【结果】担子菌门（Basidiomycota）和子囊菌门（Ascomycota）是根际不同生态位间的优势菌门。PCoA结果表明，与生态位相比，物种更能影响陆均松和青梅真菌群落结构，且对根际不同生态位的影响程度不同（根际: R = 0.1983， P = 0.007; 根表: R = 0.2622， P = 0.004; 根内: R = 0.7342， P = 0.001）。在OTU水平上陆均松和青梅真菌群落α多样性差异不显著，但同一树种的根表与根内真菌群落α多样性差异显著（P < 0.05），且与其它生态位相比，根内真菌群落α多样性最低。CCA分析结果表明，环境因子中pH、铵态氮（AN）是影响2个树种根际真菌群落结构的重要环境因子。FUNGuild功能预测结果显示，外生菌根真菌-未定义腐生菌、外生菌根、未定义的腐生菌及寄生真菌-未定义的腐生菌为主要功能类群，且在不同树种中存在差异。【结论】植物种类显著影响根际真菌群落组成，但生态位是在小尺度区域上影响真菌群落多样性的重要因素。pH、AN是驱动陆均松和青梅根际真菌群落组成差异的重要环境因子。