【摘要】【目的】揭示不同品种患病根际土壤真菌中的差异显著物种，探讨根际土壤真菌与不同品种烟草互作关系，为品种抗性机理研究以及生物防治提供参考。【方法】采用Illumina MiSeq高通量测序技术，分析了云南省8个主栽烟草品种的患病植株根际土壤真菌的群落结构组成与多样性。【结果】8个品种的患病根际土壤真菌OTU丰度值分布在822～1126之间，各品种间根际土壤真菌多样性与丰富度指数存在显著差异，其中品种K326、云105、云87和云99显著高于其他品种。在门水平上，各品种患病根际土壤真菌主要以Ascomycota（子囊菌门）、Mortierellomycota（被孢霉门）和Basidiomycota（担子菌门）为优势菌门。在属水平上，各处理组主要以Microidium属、Fusarium（镰孢菌属）、Humicola（腐质霉属）、Mortierella（被孢霉属）和Alternaria（链格孢属）等为优势菌属。LEFSe显著差异分析表明：Humicola（腐质霉属）、Candida（假丝酵母属）、Plectosphaerella（小不整球壳属）、Alternaria（链格孢属）、Papulaspora（丝葚霉属）、Fusarium（镰孢菌属）、Boeremia属、Mortierella（被孢霉属）、Gibberella（赤霉菌属）是不同品种烟草患病根际土壤的重要差异显著物种。【结论】不同品种烟草的患病根际土壤真菌群落结构与多样性存在显著差异，且显著差异物种的分布与品种抗性存在一定联系。对黑胫病具有较高抗性的品种（云97、K326、云100和云87）中以有益菌为主，而在感病和中抗品种（红大、云105、云116和云99）中则聚集了部分病原菌。