【摘要】对近20年中国一流大学研发投入分析发现，举国体制下大学研发投入的运行处于三重张力关系下：一是规模上，存在投入增长周期性与科学研究长期性的冲突；二是结构上，存在大学知识生产“应然”与“实然”的错位；三是绩效上，存在研发投入当期性与产出滞后性的矛盾。基于多重制度逻辑视角探究其内在逻辑，这三重张力关系是控制性多层行政逻辑、市场逻辑和学术逻辑共同作用的结果。建议适当弱化控制性多层行政主导的制度惯性，强化大学知识创新的战略地位，兼顾有组织科研与自由探索式研究，以构建科技创新新型举国体制研发投入的平衡机制。