【摘要】【目的】探究调控具有不同产仔数的川乡黑猪和藏猪的猪子宫内膜妊娠过程的相关miRNA、lncRNA及靶基因，进一步揭示影响不同品种猪子宫内膜妊娠相关的非编码RNA富集的信号通路。【方法】对平均产仔数为11.35和6.7的川乡黑猪和藏猪第2、第5胎次的子宫内膜进行分离，提取RNA，质检合格后进行转录组测序，测序数据经过拼接、比对到miRNA和lncRNA、以及预测其靶基因，进一步进行GO和KEGG富集分析筛选到调控川乡黑猪和藏猪不同产仔数的候选基因以及信号富集通路。【结果】不同胎次的川乡黑猪和藏猪之间存在多个miRNA、lncRNA及靶基因的差异表达，其中第2胎次具有1571个miRNA和2042个lncRNA差异表达，第5胎次具有1042个miRNA和2096个lncRNA差异表达。进一步根据靶基因的GO和KEGG富集分析发现川乡黑猪在促性腺激素释放激素(GnRH)分泌、ECM受体互作以及Wnt信号通路等的富集程度高于藏猪。同时发现川乡黑猪相比于藏猪有醛固酮调节钠重吸收、谷胱甘肽代谢、果糖和甘露糖代谢等过程的富集。此外，已鉴定的关键候选调控基因包括FSHR(Follicle stimulating hormone receptor)、DBX1（Developing brain homeobox 1）、ARID2（AT-rich interaction domain 2）、TNC(Tenascin C)、NT5C2（Neuropilin 2）、LAMC3(Laminin subunit gamma 3)、MADD（MAP kinase activating death domain）等。【结论】高产仔数的川乡黑猪相比于低产仔数的藏猪在子宫内膜妊娠过程中有更高的促性腺激素释放激素(GnRH)分泌、ECM受体互作以及Wnt信号通路富集（GO分析结果），同时也有代谢途径的参与（KEGG分析结果）。涉及到的关键调控基因主要有FSHR、DBX1等，并且这些基因的表达差异进行了qPCR验证。总的来说，本研究为探究非编码RNA在猪子宫内膜妊娠过程中的功能及其分子调控机制提供了新的思路。