【摘要】本研究对金花菜(Medicago polymorpha, JHC,江苏)叶绿体基因组进行BGISEQ-500平台测序，对其基因进行Noveplastys组装和GeSeq注释，最后通过MISA、REPuter、Gview、VISTA tools、IRscope和DNADnaSP6.0等软件对其序列特征、基因种类、密码子偏好性以及系统发育进行分析。结果表明，JHC叶绿体基因组大小为124 163 bp，无四分体结构，基因组总GC含量为34.09%，共注释出111个基因(76个CDS基因、30个tRNA基因、4个rRNA基因、1个假基因)、91个SSR位点和148个长重复序列；JHC叶绿体基因组的第三位密码子偏好以A和U作为末尾碱基，UUA、GCU、UAA、ACU、CCU、GAA、GUA、AUU、UGU、GGU、UUU、CUU为JHC叶绿体基因组的最优密码子；JHC与MZ772862 (云南)亲缘关系较近，与MW971560 (美国)、NC＿042848 (美国)关系较远，表明中国金花菜与美国金花菜的起源存在差异。